Qualsevol práctica profesional necessita de regles clares que siguin conegudes i acceptades per tots. Per tant, és natural que la naturopatia també es regeixi per principis de bones practiques:
- El naturòpata no substitueix al metge.
- El naturòpata no diagnostica, ni intervé en els símptomes, ni emet receptes ni modifica una prescripció mèdica. Remeteix sistemàticament tots el casos greus o sospitosos a la medicina al·lopàtica.
- El naturòpata pot aconsellar sobre complements alimenticis o productes naturals per a la salut; aquests no són medicaments.
- Al igual que la resta de professions sanitàries, el naturòpata està obligat a guardar el secret professional: la informació registrada per ell no pot ser divulgada, ni tan sols a familiars o tercers.
- El naturòpata és humil en l’exercici de les seves funcions. Coneix els seus límits i competències i, si és necessari, orientarà al seu client cap a la forma de medicina per adecuada a la seva situació.